Selama abad 16 banyak misionaris memasuki Indonesia. Tetapi, kecuali beberapa orang yang singgah di beberapa tempat di pulau jawa, mereka semua menuju ke Maluku, Sulawesi, dan Nusa Tenggara. Tidak ada seorang pun yang ke Kalimantan. Keadaan ini berlangsung sampai tahun 1688, ketika akhirnya dating lagi beberapa imam ke Kalimantan.
Empat belas tahun kemudian, yaitu tahun 1892, Paus Inosensius XII mendirikan Vikariat Apostolik Borneo. Tetapi sayang, misi itu kemudian tidak dapat berkembang, sebab sebelum dapat berkarya, Vikaris Apostolik yang baru tadi dibunuh atas perintah Sultan.
Sejak saat itu kegiatan Gereja Katolik terhambat, karena ada larangan bagi orang asing untuk melakukan perjalanan ke pedalaman. Hambatan itu menjadi semakin besar, ketika kemudian Belanda yang protestan dan fanatic anti Katolik melebar sayap kekuasaannya sampai ke Kalimantan.
Baru pada tahun 1807, ketika Negeri Belanda di tahlukkan Perancis dan hak kebebasan beragama di akui kembali, orang katolik di Indonesia dapat bernafas lega lagi. Mereka dipersatukan dibawah satu daerah hukum kegerejaan, yaitu Prefektur Apostolik Jakarta, yang 35 tahun kemudian ditingkatkan menjadi Vikariat Apostolik. Jumlah pastor masih sangat sedikit, hanya beberapa orang, dan umat nya kebanyakan terdiri dari pegawai pemerintah dan militer pada saat itu.
Sembilan tahun kemudian seorang pastor, yaitu Pater Sanders, menginjakkan kakinya di Kalimantan Barat untuk menjajagi kemungkinan pembukaan misi di Kalimantan Barat. Setelah peninjauan itu ia menyimpulkan bahwa belum tiba saatnya untuk membuka misi disini. Selain itu, pada tahun 1861 – 1862 seorang pastor militer megadakan hubungan dengan masyarakat daya di Kalimantan Barat dan Kalimantan Selatan, namun sama seperti sebelumnya, tanpa hasil.
Pada awal abad 20 Vikaris Apostolik Jakarta meminta tenaga kepada kelompok-kelompok religius di Negeri Belanda. Hasilnya antara lain ialah para pastor Ordo Kapusin Provinsi Belanda menerima tanggungjawab atas Prefektur Apostolik Borneo yang baru saja didirikan pada tahun 1905.
Sejak saat itulah para misionaris mulai berdatangan secara teratur keberbagai tempat di Kalimantan. Pada tanggal 30 November 1905 para misionaris pertama tiba di Singkawang pada tahun 1906 Sejiram mendapat imam lagi, dan pada tahun 1908 dibuka sebuah stasi baru di Laham, di pinggiran sungai Mahakam di Kalimantan Timur. Pada tahun 1909 Pontianak menjadi tempat kediaman Prefek Apostolik Mgr. Pasificus Bos, dan dengan demikian menjadi pusat segala kegiatan misi di pulau Kalimantan.
Lini Masa Gereja Katolik di Kalimantan Barat
- Didirikan sebagai Prefektur Apostolik Borneo Belanda pada 11 Februari 1905, memisahkan diri dari Vikariat Apostolik Batavia
- Ditingkatkan menjadi Vikariat Apostolik Borneo Belanda pada 13 Maret 1918
- Berganti nama menjadi Vikariat Apostolik Pontianak pada 21 Mei 1938
- Ditingkatkan menjadi Keuskupan Agung Pontianak pada 3 Januari 1961